复旦大学和上海交通大学的微电子专业都是国内顶尖的，它们在微电子领域都有着很高的声誉和教学质量。
复旦大学在微电子领域的研究实力非常强，尤其在半导体物理、微电子器件、集成电路设计等方面有很深的学术积累。复旦大学微电子系的研究生教育注重理论与实践相结合，为学生提供了良好的科研平台。
上海交通大学在微电子领域同样享有盛誉，特别是在集成电路设计、嵌入式系统、无线通信等领域具有明显优势。上海交通大学的微电子专业在工程教育方面有着丰富的经验，注重培养学生的工程实践能力和创新能力。
具体哪个更好，这取决于个人的兴趣、职业规划以及具体的研究方向。以下是一些可以考虑的因素：
1. 研究方向：如果你对某一特定方向（如半导体物理、集成电路设计等）有浓厚的兴趣，可以查看两校在该方向的研究成果和师资力量。
2. 师资力量：了解两校微电子专业的教师队伍，包括他们的学术背景、研究方向和研究成果。
3. 实践机会：考虑两校提供的实习、实验、项目机会等，这些都能帮助你更好地将理论知识应用于实践。
4. 地理位置：上海交通大学位于上海市，复旦大学位于上海市杨浦区，两校都在上海市，地理位置接近，生活便利。
5. 个人偏好：不同的学校有不同的文化氛围和教学风格，选择一个与你的个性和偏好相匹配的学校可能更为合适。
建议你根据自己的实际情况和兴趣，综合考虑以上因素，做出选择。同时，你也可以参加两校的开放日活动，与在校师生交流，亲自感受两校的教学环境和学术氛围。
